三方的股份合作协议有效的编写应该包括以下几个方面：
一、股份合作的用途
要明确三方之间合作的具体目的，以及各方承担的责任；
二、股份分配
明确各方持有股份的比例，以及股权结构；
三、合作期限
确定合作的期限，以及是否可以延期；
四、股东财产权益
规定股东的权力，包括股东的权利、义务及有关的权力；
五、股权转让
确定双方在签订本协议后，是否可以将股权转让给第三方；
六、违约责任
确定各方违反协议的责任及其承担的赔偿金额；
七、争议处理
规定如果有争议发生，双方应当如何进行调解、仲裁或者诉讼；
八、其他内容
根据具体情况，可以再增加其他相关条款，以便使合作协议更加充分完善。
协议合作项目应包括的内容：
三方的股份合作协议有效的编写应该包括以下几个方面：
一、股份合作的用途
要明确三方之间合作的具体目的，以及各方承担的责任；
二、股份分配
明确各方持有股份的比例，以及股权结构；
三、合作期限
确定合作的期限，以及是否可以延期；
四、股东财产权益
规定股东的权力，包括股东的权利、义务及有关的权力；
五、股权转让
确定双方在签订本协议后，是否可以将股权转让给第三方；
六、违约责任
确定各方违反协议的责任及其承担的赔偿金额；
七、争议处理
规定如果有争议发生，双方应当如何进行调解、仲裁或者诉讼；
八、其他内容
根据具体情况，可以再增加其他相关条款，以便使合作协议更加充分完善。
协议合作项目注意事项：
净化工程项目投资合作协议书应包括以下内容：
一、双方的基本信息：
1. 合作双方的全称、地址、电话、传真及法定代表人或负责人；
2. 投资双方的资金来源；
3. 合营项目的名称、地址、投资规模及具体投资内容；
二、合作内容：
1. 合作双方就净化工程项目的投资合作内容进行充分讨论与协商，明确合作细节；
2. 投资双方对投资资金实行分步投入，并就投资方式、投资期限、投资比例、投资期间收益分配等约定事项进行约定；
三、合同生效：
1. 本协议一经双方签字或盖章，即视为生效；
2. 如果本协议中任何一项条款变更，双方应在变更后签订书面补充协议，以免歧义；
3. 如果双方发生纠纷，应友好协商解决，如协商不成，应向有管辖权的法院提起诉讼。
四、本协议未尽事宜，双方应另行签订补充协议。
科研合作项目协议范本示例
项目名称:
项目主持单位:
甲方(负责单位):
通讯地址:
项目负责人:
项目联系人:
联系电话:
传真:
-mail:
乙方(合作单位):
通讯地址:
项目负责人:
项目联系人:
联系电话:
传真:
-mail:
本协议双方就共同参与研究
项目事项,经平等协商,在真实,充分表达各自意愿的基础上,根据有关法律,法规和本项目下达部门的相关规定,达成如下协议,并由合作双方共同恪守.
合作内容
1.研究目标:
2.技术内容:
3.合作方式:
4.合作期限: 年月— 年月
双方分工情况
甲方:
乙方:
双方权利,义务与责任
甲方:
乙方:
合作研究费用和支付方式
项目总经费:
资金支付方式:
以上款项由方通过银行汇入方如下账号:
开户名称:
帐号:
开户行:
成果分配
产权归属:
(1).科研成果署名:
(2).论文发表:
(3).专利申请:
(4).后续研究或项目申请:
2.成果转让:
六.协议的生效变更与解除
1.本协议生效期间为项目获得之日至项目结题申请通过之日;
2.协议双方中任何一方欲变更,解除本协议,必须采取书面形式,并由双方的授权代表签字,口头无效;解除协议需提前一个月向对方提出;
3.甲乙双方中任何一方未履行本协议条款,导致协议不能履行,不能完全履行,对方有权变更,解除协议,违约方要承担以下违约责任:
4.执行合同中如遇不可抗拒的因素,如战争,自然灾害,地震等导致协议不能顺利履行时,双方各自承担自己的损失,均不承担违约责任,双方应尽快通知对方以将损失控制在最小范围并共同协商变更或者解除本协议;
5.本协议与国家法律相抵触时,应依照国家法律法规,变更本协议;
6.本协议的备忘录或者附件与本协议拥有同等的法律效力,同时取代之前的所有口头或书面协定,以及与该协定主要事项相关的担保;
7.本合同未尽事宜,双方应本着互惠互利,友好协商的原则另行约定,并以备忘录或附件的形式体现.
七.双方其它特殊约定
在研究过程中如因一方的技术导致侵犯他人专利或相关知识产权所造成的损失由过错方自行承担.
八,争议的解决办法:
如在履行本合同的过程中发生任何争议,由双方协商解决,如协商不能解决,则提交北京仲裁委员会仲裁,必要时诉著法律.
九,其它
1.本项目如获得批准后,本协议有效期的自动延伸至项目结题通过时;本项目如未获得批准,本协议将自动终止;
2.本项目如获得批准,由甲方提供给乙方的合作研究经费完全取决于甲方依据主协定从项目主持单位实际收到的相关款项.如项目主持单位并非由于甲方的过失而拒绝拨款或支付失败,本协议将自动终止;
3.在没有事先获取甲方书面同意的情况下,乙方不得转让,抵押,收费或以其他方式让渡本协定中的任何权利和义务;
4.甲方需向乙方提供一份包含从项目主持单位获得的与该项目相关的所有信息和材料副本;
5.本协议一式份,甲乙双方各持份,具有同等效力;
6.未经对方许可,甲乙双方都不得将本协议内容透露给第三者.
甲方
乙方
项目负责人
(签章)
项目负责人
(签章)
单位(公章)
单位(公章)
日期
_____年_____月_____日
日期
_____年_____月_____日
扩展说明：合作项目种菜，对方亏本还不起怎么办？
这种属于典型的合作会出现的问题，这种情况需要你们两个协商，通过后期资金弥补或者通过减少股份或者卖掉一些设备来弥补，只要允许范围都是可以的。
