1、首先，应该在企业合作协议书中确定双方的权利和义务。明确合作双方的权利和义务是保护当事人利益的关键，合作协议书中应当清楚地确定双方的权利和义务，以免后期发生纠纷或法律纠纷。
2、在写企业合作协议书时，还应该尽量避免一般性的表述，而是要将合作协议书中的条款设置的明确而具体，以便确保双方的权利和义务不被滥用或曲解。
3、此外，还应细化合作协议书中的约定条款，主要有：合作内容、经营期限、合作方式、分配收入、损失赔偿等。这些条款必须细化，以便双方都能明确自己的义务和权利。
4、最后，在企业合作协议书中，应该添加一些违约责任条款，以便当双方出现违约行为时，能够给予相应的处理结果，以维护双方的利益，避免可能发生的纠纷。
企业协议书合作科研院所的注意事项：
一、 合作双方：
1. 承包企业：
2. 个人：
二、 合作内容：
1. 承包企业承诺向个人提供服务；
2. 个人承诺对上述服务负责并给予充分的支持；
3. 双方确认以上内容已达成一致意见，并将此协议作为双方合作的基础；
三、 经费：
1. 承包企业向个人支付经费；
2. 双方可以根据合作情况进行修改；
四、 附加条款：
1. 如果双方未能遵守本协议，将受到法律责任；
2. 此协议一经签订，即对双方具有约束力；
3. 本协议在双方签字之日起生效；
4. 本协议未尽事宜，可由双方协商补充。
五、 签字：
双方代表：
（企业）
（个人）
企业协议书合作科研院所应包括的条款：
答：
一、甲乙双方科研合作协议书的组成要素
1.标题：甲乙双方科研合作协议书
2.协议签署日期：
3.协议双方：（分别填写双方的真实姓名、号或住所地址）
4.协议内容：
（1）甲方拥有科研资源，包括资金、人员、设备、基础设施等；
（2）乙方具有科学管理能力，能够为甲方提供相应的科研服务；
（3）双方就甲方提供的科研资源和乙方提供的科研服务达成以下协议：
a)双方共同制定科研目标、任务分配、合作时间表、科研报告书等；
b)双方共同建立科研项目的考核机制；
c)双方共同制定科研成果的使用权限；
d)对于双方在科研过程中发生的争议，可以通过友好协商解决，如协商不成，可以向法院起诉；
e)双方科研合作后，可以签订具体的科研合同。
5.双方签字/章：
二、甲乙双方科研合作协议书的有效性
1.协议文本的真实性：双方签字/章的内容应该与协议文本中的内容一致，不能有任何虚假之处；
2.保密性：双方在签订协议时，应当就科研的保密性达成一致，未经双方同意，不得将科研成果公开；
3.经济惩罚性：如果双方未能按照协议规定的内容履行义务，则应当承担相应的经济惩罚；
4.可执行性：协议文本中的内容需要具有可执行性，双方都应遵守协议中的约定，不得违反；
5.法律效力：甲乙双方科研合作协议书需要经过法院认可，才能具有法律效力。
企业与科研院所合作协议范本示例
甲方：______________
________________有限公司
法定代表人：_________________
乙方：_________________国家重点实验室
法定代表人：_________________
甲乙双方本着公平公正、平等、互利的原则，订立如下合作协议，供双方遵照执行。
一、________________技术为甲方和乙方共同的技术成果。
二、甲方将与乙方进行深入合作，对________________进行逐步改革、细化，以达到甚至超过欧美国家的技术，从而实现更加节能、更加稳定的运作模式。
三、为了防止双方共同研发设计的设备及产品技术在市场上泛滥，引起恶性竞争，甲乙双方需全力投入，实现双方合作共赢、规范设备市场。
四、技术合作开发完成，双方本着互利互盈、互惠互利的原则进行利益分成，合作卖点在于________________的整条生产线，整条生产线分工如下：_________________甲方负责生产线的其他设备的设计、采购、安装;乙方负责________________的设计和制造加工。
五、为了保证市场的稳定以及双方的合作原则，对于市场开发以及技术销售，需经过甲乙双方的共同商榷。
六、为便于共同技术的开发以及技术销售的完整，乙方须承认甲方为其合作单位，允许甲方以自己和乙方的共同名义进行宣传。
七、本协议为合作框架协议，合作中具体事宜需在具体合同中进一步明确。框架协议与正式合同构成不可分割的整体，作为甲乙双方合作的法律文件。
八、本协议有效期为_____________年，自_____________年________________月________________日起到_____________年________________月________________日为本企业与科研院所合作协议协议商定合作方案的执行期限。
九、本协议一式_____________份。双方各执_____________份，具有同等法律效力。
甲方 ___________
乙方 ___________
____ 年 _____ 月 _____ 日
扩展说明：企业科研项目保密期限？
承担保密义务的业务相关人或者合法受让人、使用人在保密协议的有效期限内应当按照本条例的相关规定，采取有效的保密措施，防止泄露该技术秘密；非经技术秘密合法拥有人的书面同意，不得披露、泄露或者公开企业技术秘密。
承担保密义务的业务相关人不得利用该技术秘密进行生产经营活动。
第二十一条 企业可以与其高级管理人员、高级技术人员和其他负有保密义务的员工签订竞业限制协议。
第二十二条 竞业限制协议应当以书面形式签订，一般包括以下主要条款：
（一） 竞业限制的范围、地域；
（二） 竞业限制的期限；
（三） 补偿费的数额及支付方式；
（四） 违约责任。
第二十三条 竞业限制的期限最长不得超过解除或者终止劳动合同后两年，超过两年的，超过部分无效。
竞业限制协议中没有约定期限或者约定不明确的，视为无固定期限协议，可以随时解除协议，但是应当提前至少一个月通知对方。
第二十四条 竞业限制协议约定的补偿费，按月计算不得少于该员工离开企业前最后十二个月月平均工资的二分之一。约定补偿费少于上述标准或者没有约定补偿费的，补偿费按照该员工离开企业前最后十二个月月平均工资的二分之一计算。
第二十五条 竞业限制补偿费应当在员工离开企业后按月支付。用人单位未按月支付的，劳动者自用人单位违反约定之日起xx日内，可以要求用人单位一次性支付尚未支付的经济补偿，并继续履行协议；劳动者未在xx日内要求一次性支付的，可以通知用人单位解除竞业限制协议。
第二十六条 技术秘密已经公开的，当事人可以解除竞业限制协议。法律、法规另有规定的除外。
行使竞业限制协议解除权的，应当书面通知对方，竞业限制协议的解除自通知到达对方时生效，但是双方另有约定的除外。
第二十七条 企业违反法律或者劳动合同单方解除劳动合同的，该员工可以解除竞业限制协议。
第二十八条 企业依法合并、分立或者终止时，保密协议、 竞业限制协议由变更后的当事人承担或者分别承担履行协议义务和享受应有的权利。
第四章 法律责任
第二十九条 侵犯企业技术秘密造成损害的，应当承担赔偿损失和其他民事责任，并承担被侵害企业因调查该项侵害其合法权益行为所支付的合理费用。
第三十条 侵犯企业技术秘密，给被侵害的企业造成损失的，侵权人应当赔偿被侵害企业的经济损失。
技术秘密权利人损失数额的计算，应当综合其研究开发成本、实施该技术秘密的收益、可得利益、可保持竞争优势的时间、技术秘密转让或者许可费用、市场份额减少等因素确定。技术秘密权利人损失数额无法计算的，以侵权人的经营额作为技术秘密权利人的损失数额。
第三十一条 有下列侵权行为的，市知识产权主管部门应当责令立即停止侵权，并处经营额等额罚款，没有经营额或者经营额难以确定的，根据情节对个人处五万元以上十万元以下罚款，对单位处十万元以上二十万元以下罚款：
（一）对技术秘密负有保密义务的人，未经技术秘密合法拥有人书面同意，披露、使用或者允许他人使用该技术秘密的；
（二）负有竞业限制义务的人，未经合法拥有技术秘密企业书面同意，在生产、经营同类且有竞争关系的产品的企业任职或者自己生产、经营同类且有竞争关系的产品的；
（三）明知他人负有竞业限制义务不得到本企业任职，仍然招用该人的。
第三十二条 以欺诈、盗窃、利诱、胁迫、贿买或者其他不正当手段获取技术秘密的，市知识产权主管部门应当责令立即停止侵害，返还与技术秘密有关的资料和设备，并处二十万元以上五十万元以下罚款。
第三十三条 以前条所列的不正当手段获取技术秘密，并加以披露、使用或者转让的，市知识产权主管部门应当责令其立即停止侵害，返还与技术秘密有关的资料和设备，并处五十万元以上一百万元以下罚款。
第三十四条 明知或者应知是违约披露或者以不正当手段获取的技术秘密，受让、使用或者再向他人披露该技术秘密的，其转让协议无效，承担连带赔偿责任，由市知识产权主管部门封存与技术秘密有关的设备和资料，并处十五万元以上三十万元以下罚款。
第三十五条 负有竞业限制义务的员工违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
负有竞业限制义务的员工违反竞业限制协议，同时违反保密义务给企业造成损害的，受损害的企业有权要求支付违约金，并可以依照本条例第三十条的规定提出赔偿损失请求。
具有业务竞争关系的相关企业知道或者应当知道该员工负有竞业限制义务，仍然招用该员工的，应当承担连带责任。
第三十六条 技术秘密受让人或者技术秘密得悉人不知道也没有合理的依据应当知道该技术秘密是非法转让或者违约披露的，赔偿责任由非法出让人或者、违约披露人承担。
技术秘密受让人或者技术秘密得悉人获悉属非法转让或者违约披露后应当立即停止使用，并采取合理、有效的措施保守秘密。技术秘密受让人或者技术秘密得悉人所遭受的损失及采取保密措施的费用，可以向非法出让人或者、违约披露人追偿；无法追偿的，由合法拥有技术秘密的企业与技术秘密受让人或者技术秘密得悉人合理分担。经合法拥有技术秘密的企业书面同意，技术秘密受让人或者技术秘密得悉人可以继续使用该技术秘密
