水利工程三方协议书应有以下几点：
一、 协议书应明确签署双方的名称、地址和，并且注明合同的签订日期、生效日期、有效期限。
二、 协议书应体现双方权利义务，包括：甲方承诺承担水利工程建设的内容、时间安排、施工费用、质量要求、安全保障等；乙方承诺向甲方及其指定单位提供必要的技术支持和资金支持；丙方承诺在工程施工过程中，及时为甲乙双方提供相关的技术支持、质量保障、安全检查等服务。
三、 协议书应就双方争议的解决方式作出明确规定，包括：双方如果出现争议，应优先通过协商调解的方式解决；如果协商调解不能达成一致意见，则应提请当地法院诉讼解决。
四、 协议书应明确违约方应承担的法律责任，防止出现协议书中未尽之处，并明确双方的守约义务。
五、 协议书应经双方充分协商，由双方签字盖章，并作为双方正式合作的有效文件。
内部协议合作工程的注意事项：
一、内部合作协议的附加协议有效吗
1. 内部合作协议的附加协议有效，但取决于主条款的约定。在大多数情况下，该协议的有效性取决于主条款中的约定，具体取决于协议双方讨论的具体内容。
2. 如果主条款是双方自愿就某一特定事项达成的协议，则当两方遵守这一协议时，附加协议也被认为是有效的。
3. 如果主条款对双方之间所讨论的内容做出了明确的约定，并且不包括附加协议的内容，则附加协议将不被认为是有效的。
4. 另外，附加协议是否有效也取决于其本身的法律效力。如果附加协议没有明确规定不得改变主条款，则附加协议是有效的。
二、怎么写内部合作协议的附加协议
1. 写附加协议前，应先仔细阅读主条款，明确双方达成的共识，以便为附加协议撰写精准的条款。
2. 附加协议应明确表达双方彼此的权利义务，并确保双方的利益得到充分保障。
3. 所有与主条款相冲突的约定，均应以主条款为准。
4. 附加协议必须明确指出双方协议的支付期限、违约条款、仲裁条款等内容，以确保协议的有效执行。
内部协议合作工程应包括的内容：
1. 合同名称：首先，在水利工程施工建设协议书的开头，要明确指出这是一份什么样的合同，包括双方的姓名或机构名称等。
2. 合同内容：然后，根据双方的约定，详细阐明水利工程施工建设的内容，包括施工地点、施工时间、施工费用、施工责任人、验收条件等，以便双方都能明确了解这份协议书的内容及其具体要求。
3. 责任分配：此外，在协议书中，也要明确双方的权利义务，特别是施工中出现的责任问题，应该及时规定好责任归属，以便双方能够在施工中更好地保护自身的权益。
4. 结束条款：最后，在结束条款中，应该明确指出双方的责任，如违约责任，终止条款等，以防止双方发生纠纷时出现误解问题。
合作工程管理协议范本示例
甲方：
乙方：
：
住址：
经甲乙双方友好协商,双方本着诚挚合作，互利互惠，团结协作的原则，互相共赢的方式达成共识就跟公司动车车站和各装修工程。为了确保工程顺利进行，经双方协商，就合作工程管理达成以下协议，双方共同遵守执行，清、双包工程着协议条款：
第一条 总则
1.1本协议为双方一次性联合协议。协议的各项条款仅对工程具有约束力。
1.2各项条款均应遵守国家颁布的各项法律、法规。
1.3合作双方是的平等伙伴，按照双方的职责分工进行合作范围内的经济及生产活动。
1.4工程项目依据国家、行业、地方标准以及甲方的各项规章制度和要求必须建立工程项目的各项管理制度、质量、环境与安全保证体系，且必须服从甲方各职能部室的管理、监督、检查。
1.5乙方与甲方合作期间的合作内容、合作事项不得超越本协议所赋予乙方的权限，乙方享有甲方在本协议中赋予乙方的权利，并承担责任与义务。
第二条 工程项目的安排及费用
2.1.工程款必须进公司账户。由财务收到工程款后即向甲、乙双方告知，并由甲、乙双方共同协商各工程的付款计划，再下达财务支付。
2.2.甲、乙双方动用每一笔资金，必须在申请单栏目内签字生效，由会计支付。
2.3.所有报价必须由甲、乙双方协商达成。双方有权利、义务知晓并执行。无任何提留或任何借口着提成。
2.4.所有班组和外包工，必须由双方共同商量再订立施工合同，并遵守执行。
第三条 乙方职责
3.1乙方负责承接工程。由甲方委托乙方鉴定工程总合同，并由乙方按总合同的约定，催付工程进度款到本公司账户上。
3.2协调工程上业主的项目经理和工程所用材料的进场日期、堆放地点。
3.3 乙方对所承担的工程任务应具有强烈的责任感，维护甲方的企业信誉。因该工程施工所产生的债权、债务由乙方负责。乙方对承担的工程任务的工期、质量、安全等承担全部经济及法律责任。
第四条 甲方职责
4.1甲方负责提供有效的营业执照等及资质证明文件。
4.2甲方责任和义务，积极配合乙方各投标工作，负责各工程施工选用，施工合同的鉴定，财务支付款项。
4.3甲方同意并无条件参照执行总合同的约束和奖罚制度。
4.4本协议一式贰份，甲乙双方各执一份，具有同等法律效力。
甲方：乙方：
法定代表人：法定代表人：
委托代理人:(签字)委托代理人:(签字)
_____年_____月_____日 _____年_____月_____日
扩展说明：工程内部承包记账分录？
(1)施工企业施工发生各项成本费用时，借：工程施工——合同成本;贷：应付职工薪酬、原材料等。
(2)施工企业分包合同工程，在办理分包工程价款结算时，借：工程施工——(分包)合同成本——××(合同)工程;贷：应付账款——应付工程款——××(分包单位)。
按规定代扣相关税费时，借：应付账款——应付工程款——××(分包单位);贷：应交税费——应交营业税、应交城市维护建设税、应交教育费附加等。
(3)施工企业向业主开出工程价款结算账单时，借：应款——应收工程款——××(业主);贷：工程结算——××(合同)工程(按结算单据所列金额)。
(4)施工企业收到工程结算款时，借：银行存款(按实际收到的金额) ;贷：应款——应收工程款。
(5)每月根据确认的产值或完工百分比法确认收入，借：主营业务成本(按当期确认的合同成本)，工程施工——合同毛利(按其差额);贷：主营业务收入(按当期确认的工程结算收入)。
